文献解读2,例出血血栓和血小板疾

Diagnostichigh-throughputsequencingofpatientswithbleeding,thrombotic,andplateletdisorders.

期刊：Blood

IF：17.

发表时间：.12

1.

摘要

使用血栓基因组学高通量测序panel对例患者的诊断级基因进行了测序，该诊断级基因是与罕见出血、血栓形成或血小板疾病（BTPD）相关的变异。分子诊断率由临床表型决定，所有血栓形成、凝血、血小板计数和功能障碍患者的总诊断率为49.2％，以正常止血测试结果为特征的原因不明的出血性疾病的比率为3.2％。MDT将个变异（包括拷贝数变异（CNV）和内含子变异）分为致病性、可能致病性或不确定性的变异。这些变异中有一半（50.9％）是新发现的，最近发现与BTPD相关的7个基因中鉴定出41个独特变异。对经典凝血通路的分析发现29例患者具有单基因异常的证据。据报道，有例患者进行了分子诊断，证明引入高通量测序遗传检测对高遗传可能性的BTPD患者而言是一个极有价值的补充检测。

2.

研究背景

遗传性出血、血栓形成和血小板疾病（BTPD）是由大量基因座中的DNA变异引起的罕见疾病。最常见的出血性疾病是vonWillebrand病（最多影响0.01％的人群）以及血友病A和B，这些疾病共同影响了0.01％的男性人群。虽然登记表数据显示患病率低于0.％，但是目前没有关于其他的罕见遗传性出血病患病率的准确估计。静脉血栓形成的总年发病率为千分之一，但在儿童群体中很少见，发病率为十万分之一。

通过血栓基因组学高通量测序对例患者的结果进行研究，这些患者根据HPO术语和参考信息分为5类疾病：血栓形成、血小板计数和功能障碍、凝血、不明原因出血。由多学科团队（MDT）进行的变异分析确定了TIER1基因变异对观察到的表型的影响，从而为不同类型的患者进行高通量测序检测的临床实用性提供了指导，并且对变异注释的标准化以及结论性分子诊断的报告如何影响临床管理提出了见解。

3.

研究方法

变异优先级和注释

对于每个患者，MDT在附加的HPO术语、临床信息和家族史的背景下，对通过过滤的DNA变异进行了优先排序和注释。报告的变异分为有致病性、潜在致病性和意义不明的变异，同时还决定每种变异对患者表型的潜在影响。对于所有使用TG.V2测序的样品，均按照血栓基因组学MDT成员同意的指导原则进行了变异注释。年，英国临床基因组科学协会根据先前报道的美国医学遗传学和基因组学（ACMG）指南发布了变异注释的最佳实践指南。Sapienta软件从1.7版本（年1月）开始实施了ACMG指南。遵循这些准则进行变异注释。更新的指导原则适用于使用TG.V3测序的所有样品的变异注释。表1总结了TG.V2和TG.V3使用的检测内容、方法、分析和注释的主要区别。

表1血栓基因组学TG.V2和TG.V3高通量测序检测内容、实验方法、分析方法和变异指南

4.

研究结果

患者纳入标准和表型

患者分类见图1A，HPO术语“蛋白C抗凝途径异常”表明，大多数归为血栓形成类的患者都因为蛋白C或蛋白S水平降低而被转诊，见图1B。

图1使用临床和实验室表型对患者进行分类

血栓基因组学高通量测序评价

先前报道的血栓基因组学高通量测序检测（TG.V1）验证使用了来自患者的个样本，这些样本中有些带有先前已知的致病变异，对这些样本的63个TIER1基因进行了测序。我们使用80个和96个TIER1基因的TG.V2和TG.V3测试对和例患者样品进行了测序，目标区域分别为0.Mb和0.Mb（图1）。

最近发现的TIER1基因的诊断率和验证

MDT在疾病发生率、变异频率、HPO术语和家族史的背景下审查了优先变异。据报道，变异具有致病性，并且对患者的表型有影响。据报道隐性BTPD的变异以纯合或复合杂合状态存在。通过报告例患者中的总共个变异，对例患者进行了筛查，总体分子诊断率为37.3％（图2A）。对于有血栓和凝血功能障碍的患者，报告的变异中有68.7％和70.6％是先前已知的与疾病相关的变异，而对于具有血小板计数和功能障碍的患者，这一比例较低，分别为44.4％和28.4％（图2B）。

图2按疾病类别的新变异的诊断率和比例

对患者中报告有变异的基因进行排名（图3）。对于血栓形成、血小板计数和凝血疾病，四分之一的患者仅在1个基因中出现了变异：分别为PROS1、MYH9和VWF。每种疾病类别的四分之一患者报告了至少6个基因的变异。

图3根据每个疾病类别的报告数量对基因进行排名

拷贝数变异，深度内含子变异和单基因异常

在例报告了变异的患者中，有例报告了一个变异，而例中至少有报告了2个变异。大多数具有2个变异的患者患有隐性疾病，对于其中29例患者，报道的变异有2个或更多基因。对于血栓形成和凝血疾病，我们分别确定了11位（3.9％）和13位（1.8％）具有单基因异常的患者（图4）。

图4血栓形成（红色）和凝血性疾病（蓝色）患者的单基因异常

总结

对于高遗传性BTPD的患者，血栓基因组学检测是很好的补充诊断。结果为临床医生提供了大约一半患者的分子诊断，可以更准确地预测和控制疾病，并且通过级联检测，可以为患者及其近亲提供更好的知情咨询。

编撰

赵慧芳

审核

吴春雪排版

汪洁